Thiếu Nữ Trí Mạng lấy bối cảnh trong một thế giới tương lai, nơi trí tuệ nhân tạo phát triển mạnh mẽ. Một tổ chức nghiên cứu khoa học ngầm do Trình Phi quản lý đã bí mật phát triển các con chip não để kích thích tiềm năng của cơ thể con người, nhằm tạo ra một nhóm siêu nhiên và kiếm lợi bất chính
